1、成分不同：（1）防水砂浆又叫阳离子氯丁胶乳防水防腐材料。阳离子氯丁胶乳是一种高聚物分子改性基高分子防水防腐系统。 由引入进口环氧树脂改性胶乳加入国内氯丁橡胶乳液及聚丙烯酸酯，合成橡胶，各种乳化剂，改性胶乳等所组成的高聚物胶乳。加入基料和适量化学助剂和填充料，经塑炼，混炼，压延等工序加入而成的高分子防水防腐材料。 （2）普通砂浆（mortar）用无机胶凝材料与细集料和水按比例拌和而成，也称灰浆。 普通砂浆材料中还有的是用石膏、石灰膏或粘土掺加纤维性增强材料加水配制成膏状物，称为灰、膏、泥或胶泥。常用的有麻刀灰（掺入麻刀的石灰膏）、纸筋灰（掺入纸筋的石灰膏）、石膏灰（在熟石膏中掺入石灰膏及纸筋或玻璃纤维等）和掺灰泥（粘土中掺少量石灰和麦秸或稻草）。 

2、用途不同：（1）防水砂浆使用于工业和民用建筑内外墙，外墙，混凝土，地下室，水池，水塔，异性屋面，隧道，厕浴间，大坝等部分的防水，防腐，防渗，防潮及渗漏修复工程；人防，地下工程及水利电工程的防水，防腐，粘结补强和加固处理及防水防腐衬砌。 （2）普通砂浆用于砌筑和抹灰工程，可分为砌筑砂浆和抹面砂浆，前者用于砖、石块、砌块等的砌筑以及构件安装；后者则用于墙面、地面、屋面及梁柱结构等表面的抹灰，以达到防护和装饰等要求。